Аспирантура ГосНИИ ГА была создана в 1963 году. За период деятельности аспирантуры через нее прошло обучение более 300 специалистов ГосНИИ ГА и других организаций отрасли. Из них более 120 специалистов защитили кандидатские диссертации на диссертационном совете при ГосНИИ ГА.
В числе окончивших аспирантуру известные ученые, заслуженные работники транспорта РФ д.т.н. В.А. Горячев, д.т.н. А.А. Шанявский, д.т.н. С.В. Далецкий, проф. д.т.н. А.А. Ицкович, д.т.н. В.Я. Кушельман, проф., д.т.н. М.С. Кубланов и др.
Научное руководство аспирантами в различные годы осуществляли: проф. д.т.н. С.Л. Белогородский, проф., д.т.н. П.К. Казанджан, проф. д.т.н. В.И. Ямпольский, проф., д.т.н. Р.В. Сакач, проф., д.м.н., С.Л. Шаповалов, д.т.н. И.В. Якобсон и др.
В настоящее время подготовка специалистов ведется в заочной форме обучения по двум специальностям:
05.22.14 «Эксплуатация воздушного транспорта»
05.26.02 «Безопасность в чрезвычайных ситуациях (на воздушном транспорте)».
Заведующая аспирантурой Смирнова Ольга Станиславовна